院徽（标）颜色由科技蓝、纯洁白和活力红三色构成。蓝色象征医学教育的科学、严谨、智慧和理性，白色象征医术的圣洁和高尚的医德，红色象征医学教育事业发展的勃勃生机。
院徽（标）的中心部分由“齐齐哈尔医学院”英文首字母“QMU”和环绕的DNA双螺旋结构组成，1946表示学院始建年份。“QMU”整体造型设计的“山”字形状和象征生命与科学的DNA双螺旋结构一起寓意为医学高峰，既体现着现代医学教育理念，又昭示着齐医师生勤勉努力勇于向医学高峰登攀。红色圆点意指齐齐哈尔医学院位于举世闻名的丹顶鹤故乡，并寓意学院像一颗璀璨的明珠镶嵌在魅力鹤城。
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