根据东北革命根据地医药卫生事业发展的需要，黑龙江军区卫生部建立了黑龙江军区军医学校。地址设在当时黑龙江省政府所在地北安市，隶属黑龙江军区卫生部领导。1947年初，黑龙江军区卫生部将黑龙江军区军医学校更名为黑龙江军区卫生学校。1948年秋，黑龙江军区卫生部随军南下，黑龙江军区卫生学校移交给地方政府，建立了黑龙江省卫生学校，隶属黑龙江省政府民政厅卫生处领导。

根据当时西满地区卫生防疫事业的需要，嫩江省政府在省政府所在地齐齐哈尔市建立了嫩江省立卫生防疫学校，隶属嫩江省政府民政厅卫生处，校址设在齐齐哈尔市西郊原传染病院旧址（现学院附属第二医院）。

嫩江省与黑龙江省合并为黑龙江省，省政府设在齐齐哈尔市。同月，黑龙江省卫生学校与嫩江省立卫生防疫学校合并，更名为黑龙江省立卫生干部学校，隶属黑龙江省政府民政厅卫生处。1949年8月，全迁至齐齐哈尔市光复街。

学校为抗美援朝培养战勤护士，建立了黑龙江省立卫生学校分校。校址设在齐齐哈尔市南郊大乘寺。

全国中等技术教育整顿会议后，黑龙江省立卫生干部学校改建为黑龙江省医士学校，隶属黑龙江省卫生厅和文教厅，并列为东北人民政府所属中等卫生学校的实验学校。

黑龙江省立第一医院（现齐齐哈尔市第一医院）正式确定为学校的教学医院。1953年1月，根据国家教育部校名按地名称谓的规定，黑龙江省医士学校更名为黑龙江省齐齐哈尔医士学校。

黑龙江省护士训练班于泰康县迁至齐齐哈尔市，与齐齐哈尔医士学校附设的卫生干部训练班合并。1954年1月黑龙江省卫生厅决定将学校附设的卫生干部训练班划出，成立黑龙江省卫生干部训练班。同年2月，黑龙江省卫生干部训练班和黑龙江省助产学校由黑龙江省卫生厅决定合并于齐齐哈尔医士学校。

学校的隶属关系由黑龙江省政府卫生厅下放到嫩江专员公署；11月，由齐齐哈尔市卫生局接收。校名更改为齐齐哈尔市医士学校，并将齐齐哈尔市第三医院（设在富拉尔基）划归学校做附属医院。

学校全迁富拉尔基新校舍，校址由齐齐哈尔市光复街迁址富拉尔基区向阳大街24号。

学校隶属关系由黑龙江省政府卫生厅上收，恢复使用原校名—齐齐哈尔医士学校。附属医院也因此恢复了齐齐哈尔市市属医院建制，称为齐齐哈尔市第六医院，做为教学医院。

经申报并取得省、市领导同意，齐齐哈尔医士学校拟晋升为专科学校。同年9月，黑龙江省政府卫生厅决定将原附属医院重新划归学校(后因“文化大革命”开始未能移交)。1966年7月，学校隶属关系再度下放到齐齐哈尔市卫生局。

鉴于“文化大革命”爆发的形势，国家高教部和黑龙江省政府不同意学校改办专科学校。1966年8月—1969年，受“文化大革命”影响，学校停止办学。1969年12月，学校分散到五所医院办学（五年没有正式招生）当时这种办学方式称作“红医校”。

经上级主管理部门批准，为齐齐哈尔市和黑龙江生产建设兵团五师代培学员，同年入学医训班学员72名、医士班学员65名，学制均为一年半。

学校正式开学招收工农兵学员和代培学员，专业分为医疗专业和医士助产专业（1971年—1976年10月，恢复办学）。

恢复过渡阶段，学校面貌发生了崭新的变化。

经国务院批准，齐齐哈尔医士学校改中等专业体制为高等专科体制，建立了齐齐哈尔医学专科学校。

黑龙江省高教局和黑龙江省政府就齐齐哈尔医学专科学校改建为齐齐哈尔医学院的问题，先后向国家教育委员会呈递请示文件。1986年1月，国家教育委员会派工作组来校开展验收晋升医学院的工作。1986年3月，国家教育委员会批复黑龙江省政府，齐齐哈尔医学专科学校改建为齐齐哈尔医学院。

黑龙江省卫生厅决定将嫩江地区中心医院作为学校的第二附属医院（暂隶属嫩江公署）。1988年1月，随着嫩江地区与齐齐哈尔市合并，嫩江地区中心医院正式过渡为学校第二附属医院。

国家教委决定对学院进行教学工作合格评价；1996年8月，学院搬迁至原东北重型机械学院校址；1997年11月，顺利通过国家教委的合格评价。

经省政府批准，齐齐哈尔铁路中心医院和哈尔滨铁路局齐齐哈尔专科医院成为学院直接领导的第三、第四附属医院，大庆龙南医院、齐齐哈尔市第一医院成为学院非直接领导的第五、第六附属医院。目前，学院已经发展成为黑龙江省西北部地区医学教育、医学科研和医疗服务中心。