党政机关机构

纪委办公室、党委办公室、组织部(挂离退休工作处牌子)、宣传统战部、学生工作部(挂学生处牌子)、研究生处（挂研究生院牌子）、招生就业处、医院管理处、团委、 学院办公室、教务处、国际交流合作处（挂国际教育学院牌子）、人事处、审计处、武装部(挂保卫处牌子)、科研处、财务处、国有资产管理处、工会、后勤管理处

教学机构

基础医学院、精神卫生学院、公共卫生学院、医学技术学院、药学院、护理学院、病理学院、

口腔医学院、全科医学与继续教育学院、社会科学部（挂马克思主义学院牌子）、体育教研部、外语教研部、临床教学中心

教辅机构

高教研究与教学质量评估中心、医药科学研究院、实验设备管理中心、

现代教育技术中心、学术理论研究部、图书馆

医疗机构

附属第一医院、附属第二医院、附属第三医院、附属第四医院、临床病理诊断中心、齐齐哈尔医学院附属第五医院（大庆龙南医院）、齐齐哈尔医学院附属第六医院（齐齐哈尔市第一医院）、齐齐哈尔医学院附属第七医院（黑龙江省医院）、齐齐哈尔医学院附属第八医院（大庆市第三医院）、齐齐哈尔医学院附属第九医院（哈尔滨市第一专科医院）、齐齐哈尔医学院附属第十医院（大庆油田总医院）、齐齐哈尔医学院附属第十一医院（黑龙江农垦总局总医院）、齐齐哈尔医学院黑河中俄友好医院（黑河市第一人民医院）